Els pèptids de penetració cel·lular són petits pèptids que poden penetrar fàcilment a la membrana cel·lular.Aquesta classe de molècules, especialment CPP amb funcions d'orientació, és prometedora per al lliurament eficient de fàrmacs a les cèl·lules objectiu.
Per tant, la investigació al respecte té una certa importància biomèdica.En aquest estudi, s'han estudiat CPP amb diferents activitats transmembrana a nivell de seqüència, intentant esbrinar els factors que afecten l'activitat transmembrana dels CPP, les diferències de seqüència entre CPP amb diferents activitats i NonCPP, i introduir un mètode per analitzar seqüències biològiques.
Les seqüències CPPs i NonCPPs es van obtenir de la base de dades CPPsite i diferents literatures, i es van extreure pèptids transmembrana (HCPPs, MCPPs, LCPPs) amb activitat transmembrana alta, mitjana i baixa de les seqüències de CPPs per construir conjunts de dades.A partir d'aquests conjunts de dades, es van realitzar els estudis següents:
1, La composició d'aminoàcids i de l'estructura secundària de diferents CPP i NonCPP actius es va analitzar mitjançant ANOVA.Es va trobar que les interaccions electrostàtiques i hidrofòbiques dels aminoàcids tenien un paper important en l'activitat transmembrana dels CPP, i l'estructura helicoïdal i l'enrotllament aleatori també van afectar l'activitat transmembrana dels CPP.
2. Les propietats físiques i químiques i la durada dels CPP amb diferents activitats es van mostrar en el pla bidimensional.Es va trobar que els CPP i els NonCPP amb activitats diferents es podrien agrupar sota algunes propietats especials, i els HCPP, MCPP, LCPP i NonCPP es van dividir en tres grups, mostrant les seves diferències;
3. En aquest article, s'introdueix el concepte de centroide físic i químic de la seqüència biològica, i els residus que componen la seqüència es consideren punts de partícules, i la seqüència s'abstraeix com un sistema de partícules per a la investigació.Aquest mètode es va aplicar a l'anàlisi de CPP projectant CPP amb diferents activitats al pla 3D mitjançant el mètode PCA, i es va trobar que la majoria de CPP s'agrupaven i alguns LCPP es van agrupar amb NonCPP.
Aquest estudi té implicacions per al disseny de CPP i per entendre les diferències en les seqüències de CPP amb diferents activitats.A més, el mètode d'anàlisi del centroide físic i químic de seqüències biològiques introduït en aquest article també es pot utilitzar per a l'anàlisi d'altres problemes biològics.Al mateix temps, es poden utilitzar com a paràmetres d'entrada per a alguns problemes de classificació biològica i tenen un paper en el reconeixement de patrons.
Hora de publicació: 15-juny-2023